Dietro le quinte del laboratorio di microbiologia

Dott.ssa Angela Ricchiuti

Come identifichiamo gli agenti infettivi

La sezione di microbiologia di Cerba Healthcare Milano è dotata di sistemi automatizzati che permettono di standardizzare il processo, dall’arrivo del campione, preventivamente accettato ed etichettato, fino alla refertazione finale. La maggior parte dei campioni viene processata da un seminatore automatico.

Segue l’incubazione e la successiva lettura delle piastre. Si procede poi all’identificazione finale con uno strumento, considerato ad oggi il gold standard per l’identificazione: il MALDI-TOF, che utilizza la spettrometria di massa e permette di ridurre i tempi di identificazione da alcuni giorni a pochi minuti.

Se necessario, si procede con l’antibiogramma, che permette di testare la sensibilità del germe in esame agli antibiotici, sempre con uno strumento totalmente automatizzato. L’interpretazione dell’antibiogramma è regolata da linee guida standardizzate e specifiche sia per il tipo di germe sia per il tipo di campione (linee guida EUCAST). I risultati vengono poi inviati automaticamente a un gestionale, dove vengono validati dall’operatore.

L’operatore valuta l’idoneità dei campioni ed emette, in caso di incongruenze, le relative non conformità.

Prestiamo particolare attenzione alle comunicazioni con i clinici. Per esempio, esami parziali che possono comunque avviare una terapia empirica, prima del risultato finale completo, vengono tempestivamente comunicati. I feedback con i clinici permettono anche di avviare ricerche specifiche non richieste preventivamente, cambiando così approccio diagnostico anche in corso d’opera.

Microbiologia e prevenzione

In questo laboratorio viene eseguita la quasi totalità delle indagini microbiologiche. Gli esami più richiesti durante tutto l’anno riguardano le urinocolture; ovviamente si registrano incrementi in base alla stagionalità, come per esempio le indagini per le infezioni respiratorie in inverno.

Gli screening riguardano essenzialmente quelli relativi alle malattie sessualmente trasmissibili.

La prevenzione è diversa a seconda del tipo di agente patogeno e dell’eventuale sito di azione.

Caso studio: igiene delle mani e biodiversità batterica

Riportiamo il caso più semplice ma anche più efficace nella maggior parte delle situazioni: l’igiene delle mani.

Pensiamo solo che una mano “tipica” ospita popolazioni di circa 150 specie differenti di germi, che peraltro differiscono notevolmente da individuo a individuo e anche da una mano all’altra della stessa persona.

Le mani delle donne presentano una biodiversità batterica molto superiore a quella delle mani degli uomini. È questa la conclusione a cui è arrivato uno studio condotto presso l’Università del Colorado.

La ricerca, che si inquadra in un progetto finanziato dai National Institutes of Health per lo studio della “linea di difesa” dalle malattie costituita dalla pelle e dalle comunità di microrganismi che essa ospita, ha sfruttato tecniche di sequenziamento genico. In questo studio, il più vasto di questo tipo, sono stati sequenziati ben 332.000 geni, cento volte di più di qualsiasi altro studio dedicato all’ecologia dei batteri sulla pelle umana. Ha anche dimostrato che le tecniche usualmente impiegate per la valutazione delle popolazioni batteriche sulla pelle, basate sulla coltura, sottostimano notevolmente la diversità reale.

Una notizia interessante (da “Storia dell’igiene delle mani”, Istituto Superiore di Sanità) riguarda un medico ungherese, Semmelweis, che già nel 1847, studiando i cadaveri delle donne che morivano di febbre puerperale, intuì che questa potesse essere trasmessa dalle mani dei medici che prima praticavano le autopsie e poi assistevano le partorienti. La sua teoria venne confermata quando l’introduzione della disinfezione delle mani con ipoclorito di calcio ridusse drasticamente l’incidenza della febbre puerperale.

Ad oggi questa intuizione si è confermata: l’igiene delle mani, pur essendo una pratica molto semplice, ha dimostrato un forte impatto sulla prevenzione e sul controllo delle infezioni, comprese quelle causate da microrganismi resistenti agli antibiotici e quelle correlate all’assistenza (ICA).

Per questi motivi, sia l’Organizzazione Mondiale della Sanità sia i Centers for Disease Control and Prevention statunitensi hanno elaborato linee guida che forniscono agli operatori sanitari indicazioni e raccomandazioni specifiche per migliorare le pratiche di igiene delle mani.

Per portare il tema al centro dell’attenzione, dal 2009 l’OMS organizza la campagna: “Save Lives: Clean Your Hands”.

Miti e verità sulla microbiologia nella vita di tutti i giorni

Contrariamente a visioni distorte, molti microrganismi sono fondamentali per la nostra salute, il sistema immunitario, la digestione e persino l’umore. Svolgono anche un ruolo vitale negli ecosistemi come decompositori.

In particolare, sfatiamo alcuni falsi miti sul microbiota:

I batteri non sono in sovrannumero

Per anni si è creduto che il corpo umano ospitasse 10 volte più batteri che cellule. Uno studio pubblicato sulla rivista Cell nel 2016 ha dimostrato che il rapporto è molto vicino all’equilibrio: circa 39 trilioni di batteri contro 30 trilioni di cellule umane, con una proporzione che varia da individuo a individuo.

Probiotici: ognuno ha la sua funzione

Ne esistono centinaia di ceppi, ciascuno con effetti specifici, e non tutti sono indicati per ogni persona o condizione clinica. Il successo di un probiotico non dipende solo dal ceppo, ma dal terreno intestinale, cioè dall’ambiente metabolico, nutrizionale e microbico individuale. Un probiotico generico potrebbe non essere utile o, peggio, potrebbe alterare ulteriormente un equilibrio già fragile, soprattutto se contiene ceppi in eccesso.

È essenziale analizzare la situazione del singolo individuo attraverso test del microbiota e valutazioni cliniche per scegliere il ceppo adatto e creare le condizioni affinché possa svolgere la sua funzione correttamente.

Più che assumere sostanze miracolose, è necessario agire su quattro fronti concreti:

ridurre alimenti e farmaci che alterano l’ecosistema;
reintegrare nutrienti carenti;
riequilibrare i ceppi benefici;
modulare infiammazione e permeabilità intestinale (prof. Biazzo).

Il microbiota cambia con lo stile di vita

Uno dei falsi miti più radicati è che il microbiota sia un’eredità immutabile, definita alla nascita e invariabile nel tempo. È vero che parto e primi mesi di vita giocano un ruolo decisivo nella sua composizione iniziale, ma questo ecosistema è tutt’altro che statico. Il microbiota si trasforma in risposta alla dieta, ai farmaci, allo stress e all’ambiente. È proprio questa plasticità che rende possibile intervenire in modo personalizzato sulla salute intestinale, con strategie costruite su misura per ciascun individuo.

Quindi il microbiota è un ecosistema dinamico, potente e influenzabile: la personalizzazione è l’elemento chiave. Ogni individuo ha un profilo microbico unico che richiede un approccio integrato e basato su dati oggettivi, come i risultati di un test specifico. Solo così è possibile definire una strategia efficace che includa dieta, stile di vita, eventuali probiotici selezionati e interventi mirati per ripristinare l’equilibrio del terreno intestinale.

Una review su Nature del 2023, “Effects of dietary fibre on metabolic health and obesity” di Deehan, Mocanu e Madsen, sottolinea come un’alimentazione ricca di fibre, verdure e legumi favorisca le specie benefiche, mentre una dieta povera di fibre e ricca di zuccheri e grassi saturi riduce la diversità del microbiota.

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Uso degli antibiotici

In Italia l’uso degli antibiotici continua a essere oggetto di stretto monitoraggio nel 2026, con il governo che ha esteso le misure di controllo per contrastare l’elevata resistenza antimicrobica.

I dati AIFA pubblicati pubblicati ad aprile 2026, relativi al 2024-2025 indicano che l’Italia mantiene livelli di consumo superiori alla media europea: oltre 4 cittadini su 10 ricevono almeno una prescrizione di antibiotici all’anno; l’80% del consumo totale avviene fuori dagli ospedali, principalmente nell’assistenza primaria. Si registrano picchi fino al 40% durante i mesi invernali, spesso legati a un uso improprio per infezioni virali.

Il Piano Nazionale di Contrasto all’Antibiotico-Resistenza (PNCAR) 2026 è stato ufficialmente prorogato fino al 31/12/2026 per consentire il completamento delle attività di sorveglianza e prevenzione.

Il focus “One Health” è la strategia 2026 che rafforza l’approccio integrato che unisce salute umana, veterinaria e ambiente, con l’obiettivo di ridurre del 10% la mortalità legata all’antibiotico-resistenza entro il 2030. L’Italia detiene circa il 30% dei decessi europei causati da batteri resistenti, con circa 12.000 morti all’anno.

Fondamentale è diffondere la cultura dell’uso consapevole degli antibiotici. Basta prestare attenzione a tre buone pratiche: